1、柱压过高 　　
    可能是微粒堵塞．柱床膨胀，不可逆吸附，细菌生长等造成的。也有可能是系统反压问题，例如阻尼器堵塞，进样器堵塞，管路或连接口堵塞．在线过滤器不干净，压力传感器不准确等。 　　
2、柱效低 　　
     可能是色谱柱被污染、过滤片部分堵塞、色谱柱内的死体积造成，例如流动相p H值或者组成不合适造成固定相损失。流动相急剧变化造成固定相物理损坏，机械振动造成固定相产生裂缝，柱床收缩或干枯。也有可能是仪器连接的问题，认真检查进样器、检测器、管路、保护柱和在线过滤器等是否连接好，也可能是色谱柱没有平衡好，进样量过大等问题。 　　
3、重复性差、不出峰、回收率低 　　
     可能是色谱柱被污染， 流动相 p H值或者组成不合适造成固定相损失 ，样品溶剂不同或样品本身不稳定，固定相极性过强或者流动相极性过弱．或者发生非特异性吸附。也可能梯度实验时平衡时间不足，温度波动，流动相组成改变，样品溶剂不同，样品稳定性不好，方法的开发不好，缓冲液的酸碱度不合适或者缓冲能力不足。